Сервер для NIS может работать в режиме главного или подчиненного сервера. Если сервер для NIS используется в домене, главным сервером в домене должен быть именно этот сервер. Основное различие между этими режимами в UNIX заключается в том, что считывать данные сопоставлений могут и главный, и подчиненные серверы, но выполнять их обновление может только главный сервер. Кроме того, главный NIS-сервер пересылает периодические обновления сопоставлений подчиненным серверам.

Поскольку в среде Windows, использующей сервер для NIS, данные хранятся в Службы домена Active Directory (Доменные службы Active Directory), как главный, так и подчиненные серверы имеют общий доступ к одной реплицированной базе данных Доменные службы Active Directory. Это обуславливает их равноправие в вопросах обновления сопоставлений и доступа на запись. Сервер для NIS может обновлять данные NIS-сопоставлений, хранимые в Доменные службы Active Directory, и в режиме главного сервера, и в режиме подчиненного сервера. Изменения в Доменные службы Active Directory на любом из этих серверов распространяются на другие использующие сервер для NIS компьютеры в домене с помощью механизма синхронизации Доменные службы Active Directory.

Несмотря на то что эти серверы имеют равные права на обновление данных, для подчиненных серверов и клиентов UNIX должен существовать только один главный сервер. Подчиненные серверы UNIX продолжают получать обновления сопоставлений от контроллера домена Windows, на котором запущен сервер для NIS и который является главным сервером. Таким же образом они продолжают отправлять изменения в сопоставлении passwd только на главный сервер.

Сведения о назначении подчиненного сервера главным сервером см. в разделе Назначение подчиненного сервера главным сервером.